菌核病在甜瓜的苗期至成株期都易发生，一旦患病会侵害幼瓜、茎部等处，并最终导致瓜果腐烂，植株死亡。为了确保甜瓜优质高产，必须加强科学防治。除了选取抗病品种、进行种子消毒、注意排风降温等综合措施外，好要以农业防治为基础。

    一、选择土壤选择土层深厚的砂壤土种瓜。秋冬季深藏瓜地有利于消灭土壤中越冬病菌和虫源，促进病株残体分解腐烂，并使来年土壤疏松，便于平整土地，精修瓜沟及灌排水沟。

    二、实行轮作不要与葫芦科、茄科作物重茬，最好实行5年以上的轮作或水旱田轮作，减少枯萎病等多种土传病害。合理播种和间套作适时播种、合理搭配间套种作物，改进播种技术，如采用开沟、覆膜、垄上栽种等，可起到防病、避病作用。实行瓜与棉花、小麦等直立作物间套种，能充分利用土地，改善通风透光条件，减轻病虫害。

    三、施足基肥每公顷施充分腐熟的优质厩肥1.2万— 1.5万千克，经过发酵的棉子饼或豆饼750—1500千克，氯磷钾复合肥150—225千克。提倡叶面追肥，如施用植物灵、黄腐酸、增产菌、喷施宝、碧全健生素、磷酸二氢钾等，能调节植株生长，增强植株抗病性。

    四、加强田间管理加强出苗后田间精细管理，如幼苗期，要严控灌水量，以防降低地温，未覆膜的瓜地雨后或灌水后可松土，促使根系发育。生长期，要禁止串灌和大水漫灌。田间如有积水，要及时排除。

    五、要根据品种特性适度整枝、打杈，避免造成伤口过多，减少病菌入侵的机会。适度整枝，防止瓜暴露在强烈日照下发生灼伤。及时清除病苗、病株、病叶和病果，并带出棚外烧毁或深埋，以防止病菌蔓延。