暴雨过后，为切断传染源、消灭病原体、预防和控制疫病流行，必须对猪舍、环境、水源、用具等进行严格消毒。

　　猪舍消毒。采用高压水枪清除猪舍内淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物，按照从棚顶、墙壁到地面，从猪舍远端到门口，先室内后室外的顺序逐步清理，不留死角。清除大部分病原体、减少有机物残留，有利于化学消毒剂充分发挥作用。清理完毕、待干燥后，使用灭毒威甲1:200和戊二醛1:300轮流对栏舍进行消毒。猪舍内的工具设备、物品、料管等，采用灭毒威甲1:200浸泡消毒24小时以上。内外场地用2%烧碱溶液喷洒地面消毒。环保区粪沟应及时查看污水情况，清理污水后加4%烧碱进行消毒。

　　猪群消毒。猪群每天用灭毒威甲1:200进行带猪消毒1至2次。水灾浸泡过的栏舍和猪群，舍内空气质量差、湿度过大、气压偏低，易引起猪群应激反应，导致食欲下降、呼吸急促、精神沉郁，甚至可能诱发湿疹、皮炎等皮肤疾病。夏季日照强烈、空气闷热，猪群中暑病例多发，应进行驱虫处理，同时增加抗应激、提高免疫力的药物（如奥茵美）进行保健，并做好防暑降温工作。针对附红细胞体、葡萄球菌、大肠杆菌等病原，可在饲料中添加50%伴畜安（盐酸多西环素）300至500克/吨，进行针对性预防。