病原为艾美耳球虫，我国已报道的有7种，即柔嫩艾美耳球虫、毒害艾美耳球虫、堆艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、哈氏艾美耳球虫、和缓艾美耳球虫和早熟艾美耳球虫。前两种的致病力较强，其余的几种依次减弱。柔嫩艾美耳球虫寄生在盲肠粘膜内，称盲肠球虫。毒害艾美耳球虫寄生在小肠中段粘膜内，称小肠球虫。球虫卵的形态呈卵圆形、圆形或椭圆形。鸡球虫的发育要经过3个阶段：无性生殖和有性生殖阶段是在肠粘膜上皮细胞内进行的，孢子生殖阶段是在体外形成孢子囊和孢子，而成为感染性球虫卵。鸡球虫的感染过程是：从粪便排出的卵囊在适合的温度和湿度下，约经1～2天发育成感染性卵囊。这种卵囊被鸡吃了以后，子孢子游离出来，钻入肠上皮细胞内发育成裂殖子(无性生殖)、配子、合子(有性生殖)。合子周围形成一层被膜，被排出体外。鸡球虫在肠上皮细胞内不断进行有性和无性生殖，使上皮细胞遭受到严重破坏，遂引起发病。